El Departamento de Farmacia se crea en 2008 en el marco de la reforma estructural de la Universidad de Guanajuato, se encuentra en l sede Noria alta de la División de Ciencias Naturales y Exactas del Campus Guanajuato.

Está constituido por 16 Profesores de Tiempo Completo: 15 con grado de Doctor y 1 con Licenciatura. 15 con reconocimiento con Perfil Deseable Preferente PRODEP, 13 SNI (1 Nivel 3, 1 Nivel 2, 11. Nivel 1).

El Departamento de Farmacia tiene la línea de generación “Investigación en el Desarrollo de Nuevas Formas Farmacéuticas, Farmacología, Toxicología, Biofarmacia, Farmacia Hospitalaria y Diagnóstico Clínico y Molecular tanto en Ciencia Básica como Aplicada”